Depuis le 4 janvier 2017, Jean-François Delfraissy est Président du Comité Consultatif National d’Ethique pour les sciences de la vie et de la santé.
Il a été de 2005 à fin 2016, Directeur de l’ANRS (Agence Nationale de recherche sur le sida et les hépatites). Entre 2008 et 2017, il a dirigé l’institut d’Immunologie, Inflammation, Infectiologie et Microbiologie de l’Inserm-AVIESAN. Il est président du comité local de la recherche biomédicale et en santé publique de l’hôpital Bicêtre Paris-Sud (AP-HP) et professeur émérite à l’Université du GH Paris-Sud.
Chef du Département de Médecine Interne au CHU Paris-Sud (AP-HP) (1996-2013), le Professeur Delfraissy a dirigé plusieurs programmes de recherches et d’essais thérapeutiques de l’ANRS et publié plus de 450 articles dans le domaine de l’immunologie, la médecine interne, et l’infection au VIH. Il a organisé de nombreux congrès scientifiques internationaux et a présidé plusieurs conseils scientifiques internationaux sur le VIH/SIDA. Le Professeur Delfraissy est de longue date impliqué dans les questions de recherche opérationnelle dans les pays à ressources limitées. Il a été responsable au Cambodge du Programme ESTHER et de la recherche clinique du Site ANRS « Asie du Sud Est ». Il a notamment co-présidé la conférence scientifique IAS/ANRS sur HIV Science en juillet 2017 à Paris.
En Juillet 2014, il a mis en place et coordonné la recherche sur Ebola à travers le réseau pluridisciplinaire Inserm-Aviesan. La même année, il a été nommé par le Premier Ministre coordinateur interministériel de l’ensemble des opérations internationales et nationales de réponse à l’épidémie d’Ebola. Il a été le premier président du Conseil Scientifique de Sidaction et il est toujours membre du Conseil d’Administration. Il est membre du Conseil Consultatif Scientifique et Technique (STAC) de l’OMS sur le VIH, les hépatites, Ebola et Zika et est membre du Conseil Scientifique de l’ONUSIDA. Il a été nommé Officier de l’Ordre National de la Légion d’honneur en 2010.
Du 11 mars 2020 au 31 juillet 2022, il a été président du conseil scientifique Covid-19 en France.