Après avoir exercé pendant cinq ans comme médecin en centre de protection maternelle et infantile en Seine-Saint-Denis (La Courneuve), Paul Benkimoun s’est tourné vers le journalisme médical à plein temps à partir de 1988. Il a travaillé dix ans dans la presse médicale avant de rejoindre la rédaction du quotidien Le Monde en 1999 comme rédacteur spécialisé dans les questions de santé. Outre l’actualité, il y couvre notamment les épidémies et pandémies – en particulier celle du VIH/sida -, ainsi que les questions de santé mondiale.
Depuis 2006, Paul Benkimoun exerce une activité d’enseignant universitaire. De 2006 à 2015, il a occupé un poste de professeur associé à l’Université Bordeaux Ségalen (2006-2015), qui comprenait des enseignements dans le cadre du master « Histoire, philosophie et médiation des sciences » ainsi que dans le parcours de préparation aux concours des écoles de journalisme à l’IEP de Bordeaux. Depuis 2010, il est responsable du volet « Communication sur les risques liés aux médicaments » au sein du master européen en e-learning Eu2P « European program in Pharmacovigilance and in Pharmacoepidemiology » (enseignement en anglais) qui a été impulsé par l’Université de Bordeaux. S’y ajoutent des interventions à Sciences Po Paris et au CNAM.
Paul Benkimoun est l’auteur de plusieurs livres dans le domaine de la médecine ou de la santé, de même que dans celui du jazz. Parmi ses ouvrages figure « Morts sans ordonnance », qui relatait la bataille mondiale pour l’accès aux médicaments, culminant dans la Déclaration de Doha adoptée par l’Organisation mondiale du commerce (OMC).